Yonaguni là một phần của lục địa cho đến cuối kỷ băng hà. Vào thế kỷ 12, nó được sáp nhập vào vương quốc Ryūkyū cho đến thế kỷ 17 và sau đó sáp nhập vào han, Satsuma Nhật Bản. Năm 1879, đảo chính thức được sáp nhập vào Nhật Bản. Cho đến đầu thế kỷ 20, Yonaguni là một phần của làng Yaeyama, làng này bao gồm cả quần đảo Yaeyama bên cạnh, nhưng sau đó nó trở thành một làng độc lập vào năm 1948. Từ năm 1945 đến 1972, nó bị Hoa Kỳ chiếm đóng và sau đó nó được trả về cho Nhật Bản, thuộc tỉnh Okinawa.

Ngày 4 tháng 5 năm 1998, một phần của đảo bị phá hủy bởi một trận động đất có tâm chấn dưới biển.